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Transcriptome based SNP discovery and validation for parentage assignment in hatchery progeny of the European abalone Haliotis tuberculata ArchiMer
Harney, Ewan; Lachambre, Sebastien; Roussel, Sabine; Huchette, Sylvain; Enez, Florian; Morvezen, Romain; Haffray, Pierrick; Boudry, Pierre.
Selective breeding strategies require pedigree information over generations, but many species produced in aquaculture are too small to be physically tagged at early stages. Consequently, maintaining a sufficient number of separate families is often needed but costly and logistically difficult. Alternatively, parentage assignment can be obtained using DNA markers. We developed a panel of single nucleotide polymorphism (SNP) markers for the European abalone Haliotis tuberculata using an existing transcriptomic resource. An initial set of 2,176,887 SNPs was filtered to select 500 for high throughput genotyping. Of these, 298 SNPs were amplified in at least 90% of our H. tuberculata samples, consisting of a mixed family cohort (945 offspring) generated by...
Tipo: Text Palavras-chave: Abalone; Parentage assignment; Pedigree; Selective breeding; Transcriptome; SNP.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00429/54061/55396.pdf
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Validação de marcadores moleculares associados à pungência em pimenta Horticultura Brasileira
Pereira,Ítalo S; Barreto,Fernanda Z; Balsalobre,Thiago WA; Sala,Fernando C; Costa,Cyro P; Carneiro,Monalisa S.
A pungência em frutos de pimenta do gênero Capsicum, devido à presença de capsaicinóides, é uma das características mais atrativas e muito valorizadas pela culinária mundial. Neste trabalho, objetivou-se validar e avaliar a eficiência de predição dos marcadores moleculares pun1¹, pun1³ e o SNP identificado pelo método tetra-primer ARMS-PCR para a determinação de pungência em acessos de Capsicum spp. Trinta e seis acessos do Banco de Germoplasma da Universidade Federal de São Carlos foram avaliados através de análises sensoriais (em frutos maduros) e moleculares para pungência (na fase de plântula através da extração do DNA em folhas). Os marcadores SNP ARMS-PCR, pun1¹ e pun1³ foram usados na avaliação molecular. Os resultados mostram a eficiência desses...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Capsicum spp.; SNP; Melhoramento genético; Seleção..
Ano: 2015 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-05362015000200009
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